尼山孔庙和曲阜三孔都是与孔子有关的文化遗址，是我国传统文化的象征。以下是它们之间的一些区别：

1. 地理位置不同

尼山孔庙位于山东省泰安市，孔子的故乡。曲阜三孔位于山东省济宁市曲阜市，是鲁国的国都，在孔子逝世后不久就开始兴建孔庙。

2. 规模和建筑风格不同

尼山孔庙规模较小，建筑风格较为简朴，但也有精美的工艺品和文物，如古代的青铜器、石雕等。曲阜三孔规模较大，建筑风格宏伟，包括孔庙、祭坛、宗庙等建筑群，是我国古代建筑的代表作之一。

3. 历史渊源不同

尼山孔庙建于宋代，是为了纪念孔子而兴建的，建筑内部有孔氏家族的宅院和墓地。曲阜三孔最早建于公元前479年，是始建于孔子逝世三年的原始孔庙改建而成的。

4. 教育功能不同

尼山孔庙是闻名于世的古代学府，曾是山东省的省立大学，为培养封建权贵的子弟而设立。而曲阜三孔则是早期职业教育的学校，以传授礼仪、音乐、书法、戏曲等技能为主。

总的来说，尼山孔庙和曲阜三孔都是重要的文化遗址，代表着我国传统文化的丰富内涵，也是我国历史文化研究的重要对象。