1.大理寺：是司法审判机构，负责审理案件，相当于今天的最高法院。它的主要职责是审查地方上呈送的刑事案件，对疑难案件进行复审，并有权直接受理某些特定类型的案件。大理寺的最高长官为大理寺卿，通常由一位正三品官员担任。大理寺作为“三法司”之一，与刑部、都察院共同构成当时的最高司法体系。

2.锦衣卫：是直属皇帝的秘密警察和特务机关，主要职责是维护皇帝安全、监察官员、镇压反对势力以及处理皇帝交付的特殊任务。锦衣卫拥有广泛的权力，包括逮捕和审讯疑犯，其行动直接受皇帝指挥。锦衣卫最高长官指挥使同样为正三品，但在实权上，锦衣卫由于直接听命于皇帝，其权力往往大于大理寺。锦衣卫所处理的案件通常不受“三法司”干涉。

总的来说，大理寺是一个正式的司法审判机构，而锦衣卫则是皇帝的特务机关，两者各有职能和权力范围，但锦衣卫由于其特殊性质，在实际权力上往往超越大理寺。