巢湖学院的选修课包括体育、艺术、文科、理科、经济管理等多个方面，如健身瑜伽、篮球、足球、网球、羽毛球、游泳等体育选修课；声乐、器乐、舞蹈等艺术选修课；心理学、哲学、文学、历史、地理等文科选修课；化学、物理、数学、计算机等理科选修课；会计学、市场营销、行政管理等经济管理选修课。学生可以按照自己的兴趣和专业需要进行选择，充实自己的大学生活，丰富自己的知识储备。