更换卫生间门槛石需要注意保护好原有的防水层。

首先，将门槛石周围的地面和墙面进行保护，避免施工时的水泥砂浆等材料弄脏或损坏。

然后，使用工具将原有的门槛石拆除并清理干净。

接下来，将新的门槛石按照原有的位置进行安装，并用耐水性较好的石材胶进行固定。

最后，使用防水胶对门槛石周围进行密封，确保防水层不受损害。因为防水胶的使用，门槛石更换完成后也能够保留良好的防水性能。