宋代有一李姓人氏上岛开发，捕鱼晒网，耕作生息，以后繁衍兴旺，逐步形成内厝澳（「内」系「李」字的厦门话谐音），现在是鼓浪屿的一条街。

元代，厦门设立千户所，鼓浪屿当有兵员守御。

明初，厦门设立中左守御千户所，鼓浪屿开始设立汛口，建有墩台，派弁兵防守。

嘉靖间，参将玉麟抗击倭寇于鼓浪屿海面。

万历元年，泉州同知丁一中在日光岩上题「鼓浪洞天」四个大字，这是鼓浪屿正式得名。

明未，郑成功屯兵鼓浪屿，训练水师，建有龙头寨，寨门至今尚存。

明末，民族英雄郑成功曾屯兵于此，日光岩上尚存水操台、石寨门故址。

清初，又设鼓浪屿澳，为厦门五大澳之一，由提标前营管辖，派澳甲管理商船、渔船、渡船。

康熙二十三年（公元1684年），厦门设立闽海关正口，鼓浪屿设青单小口。

这时的鼓浪屿，已相当繁荣了。