蛤蜊一般在水温较暖和的时候开始繁殖，根据不同的蛤蜊品种和不同的地理位置，繁殖季节通常发生在春、夏或秋季。当时机成熟时，少年蛤蜊会在海洋中释放精子，然后满怀希望的等这些精子遇到由年长的雌性蛤蜊产下的卵子。每个交配季节，海水中都会飘荡着几百万个蛤蜊的精子/卵子。受精卵一旦形成，就会迅速长成桑葚胚(因为外观长得像桑葚)。

一两天后，蛤蜊胚胎上就会长出纤毛，进一步变成可以在水中游动的担轮幼虫。接下来，小蛤蜊又长出了壳和腿儿，变成以浮游生物为食的面盘幼体。在这期间，蛤蜊的外型愈发接近成年蛤蜊，面盘幼体的一侧是直的，而另一侧则是圆的(配合蛤蜊壳的形状)，并且长出两扇壳和一条多功能腿儿。待到壳变得坚硬起来，少年蛤蜊就沉降到海底，开始过上较为安定的生活。从出生到成为少年蛤蜊，大概要花上八天到两周的时间。