是的，违停两分钟被电子抓拍一样会被罚款。根据交通法规，无论停车时间多短，只要在禁停区域内停车就属于违规行为。而电子抓拍系统能够精确记录违停行为、时间和地点，可以对违停车辆进行罚款。因此，无论停车时间多短，都应该遵守交通规则，尊重他人权益，避免违停行为造成不必要的罚款和不便。