如果将墙顶起层全部铲掉，处理底层的方法取决于底层的情况。如果底层砖墙完好无损，可以直接将空出的部分重新砌上新墙。如果底层也已经出现损坏，需要对底层进行修缮，比如重新砌墙或者进行局部维修。处理底层的关键是要确保底层结构牢固，符合安全标准。同时，在墙顶重建时，应该选用防水性能强的材料，以保证重建部分的稳定性和耐久性。