农村一体式三格化粪池清理时需要按照以下步骤进行操作：

首先，将已经满了的一格或两格的粪便排出来，然后将剩余的粪便和底泥放入新的一格中，接着加入适量的发酵剂，加水混合搅拌，等待发酵。

同时，也要清理化粪池周边的污垢和生长的杂草，以保持清洁卫生。在清理时，要注意安全防护，穿好防护服和手套，以免接触到有害物质对身体造成危害。定期清理化粪池可以避免污水溢出和污染环境，保障家庭和周边环境卫生。