小门店汽修店需要进行备案的主要步骤包括以下几个方面：

首先，需要前往当地工商部门办理营业执照并注册登记；

其次，需要在当地质监局进行环保证书的申请和审核；此外，还需要在消防部门进行消防验收，确保汽修店的消防安全符合规定；

最后，还需要在税务部门进行税务登记，获取纳税人识别号。通过上述步骤的认真完成，小门店汽修店就能够合规、合法地开展业务。