毕业后毕设被查出问题不会取消毕业证，要取消学位证。

如果发现了毕业论文或者设计出现了抄袭等行为，将可能被取消学位证书，只颁发毕业证书，而且这不仅仅是针对应届毕业生，对于已经毕业的学生，也可能会受到影响。