首先，需要分别准备两个个体户的年度报告。这通常包括填写相应的年度报告表格，内容可能涵盖个体户的基本信息、经营情况、财务状况等。具体需要填写的内容和格式，可以参照当地工商行政管理部门或相关政府部门的要求和指引。
其次，通过企业信用信息公示系统或类似的官方平台进行申报。这些平台通常提供在线填报功能，可以方便地提交年度报告。在填报过程中，需要按照系统提示逐步填写相关信息，并上传必要的附件材料。
需要注意的是，由于是两个不同的个体户，因此需要分别进行申报，不能合并或混淆。同时，要确保所填写的信息真实、准确、完整，避免出现错误或遗漏。
最后，提交年度报告后，需要等待工商行政管理部门或相关政府部门的审核。一般情况下，如果所提交的信息符合要求，审核会通过，并在公示系统上公示个体户的年度报告信息。
总之，一个法人拥有两个个体户时，需要分别准备和提交各自的年度报告，并确保信息的真实性和完整性。同时，也要关注相关政府部门的要求和指引，确保年报的申报流程正确无误。