有以下几个主要区别：

商业模式：药明康德主要从事研发服务外包（CRO），而恒瑞医药则以自主研发、生产和销售药物为主。

研发实力：药明康德拥有2.19万名研发人员，而恒瑞医药则有4721名研发人员。药明康德的研发投入也相对较高，但其利润水平可能不如恒瑞医药高。

产品种类：药明康德专注于药物研发和生产，而恒瑞医药则涵盖了更广泛的医药产品领域，包括化学药物、生物制品、中药、医疗器械等。

地理位置：药明康德总部位于中国上海，而恒瑞医药则在中国的江苏省南京市和美国的纽约州奥尔巴尼市均设有研发中心。

国际化程度：药明康德在海外拥有多个研发中心，并与全球多家制药企业开展合作，而恒瑞医药则相对较少涉足国际市场。

综上所述，药明康德和恒瑞医药在商业模式、研发实力、产品种类、地理位置、国际化程度等方面存在差异。虽然两家公司都从事医药行业的研发和生产，但它们在业务模式、经营方式、产品特点和国际化程度等方面存在不同。