1、头纹不同

北种果核蛋龟是黑色的头，杂黄色的点，而南种果核蛋龟尽管也有黑色的头杂黄色点的，但是南种果核蛋龟有一种特殊的头纹，是虎纹一般的黑黄色的纹路间杂，在北种果核蛋龟上基本不会有，这也是非常明显的区分。

2、性格不同

北种果核蛋龟比较胆小，抓起来会缩头，而南种果核蛋龟更凶，抓它的时候往往象窄桥一样选择用嘴咬，