明清时期，司门口为湖广承宣布政使司衙门所在地（现武昌区人民政府所在地）。布政司主管钱粮户籍，职责与京城户部相仿，故民间称为“户部”。

明清年间，户部巷东为藩库，是布政司存放钱粮的金库和粮库；户部巷西为武昌府的粮库所在地。户部巷正好位于两个库房中间，因而得名。