动车通过一个两公里长的隧道的时间取决于多种因素，包括动车的速度、隧道的具体情况（如是否有曲线、坡道等）、以及列车的重量和空气阻力等。

一般来说，动车的速度可能在每小时200公里到350公里之间。以平均速度250公里/小时计算，通过两公里长的隧道大约需要5.76秒。然而，这只是一个大致的估计，实际时间可能会因为上述因素以及其他一些未预见的情况而有所不同。

此外，值得注意的是，即使是短距离的隧道，动车也需要一定的时间来进行减速、进入、驶出和加速等过程，这些都会增加通过隧道所需的总时间。

因此，动车通过一个两公里长的隧道的确切时间需要根据具体的情况来确定。如果需要更精确的时间，建议参考相关的运行时刻表或咨询相关的铁路运营部门。