昆山市目前实行的房屋面积补助政策，是根据房屋所在项目的不同，补贴比例也有所不同。

具体来说，如果购房者所购房屋位于限价房项目内，则按购房款的2%补贴房屋面积；如果购房者所购房屋位于非限价房项目内，则按购房款的1.2%补贴房屋面积。不过需要注意的是，补贴政策还需根据当地政策的具体实施情况进行核实，以确保获得正确的补贴和资金补助。