上海少儿住院基金和乡镇医疗保险不会产生冲突。

上海少儿住院基金是由市红十字会、市教育委员会、市卫计委于1996年联合创建的公益性、非营利的医疗保障互助基金，专门针对未成年少儿，特别是低收入家庭的孩子。而乡镇医疗保险是针对农村居民的一种基本医疗保险。

两种保险的性质和目标群体不同，因此不会产生冲突。但是，具体的情况还需要根据当地的相关规定和政策来确认。如果有任何疑问，建议咨询当地的医疗保险管理机构或相关政府部门。