西门子配方数据存储在其生产工厂的服务器中。

这是因为西门子的配方数据涉及机密信息，需要保密并防止泄漏，所以一般不会存储在外部的云服务器等公共场所。

西门子在各自的工厂内建立了配方管理系统，将相关数据存储在自己的服务器中，由相关负责人进行管理。

此外，西门子的配方数据会进行加密并设置权限控制，只有特定的人员才能进行查看、修改和下载等操作，以保护其商业机密。