如果您发现百香果在瓶子里水和果肉分离，首先需要确定其原因。如果是因为百香果已经变质，例如果壳开始有霉点或出现类似水浸泡过的样子，那么这种百香果就不建议食用了。但如果只是因为存放时间较长而导致的水分自然蒸发，那么这种百香果还是可以食用的。

为了确保食品安全，您可以采取以下步骤来处理百香果：

1. 使用干净的菜刀和砧板，将百香果切开，用勺子轻轻挖出果肉。

2. 将挖出的果肉放进干燥、清洁的玻璃容器中。

3. 密封并储存在冰箱中，这样可以随时取用，并保持其新鲜度。

4. 当您想吃的时候，可以取出适量的百香果果肉，用温水泡水喝，也可以加入蜂蜜和柠檬增加口感。

百香果不仅口感独特，而且具有多种营养价值和健康效益。例如，它含有丰富的维生素、超纤维和蛋白质等，可以帮助增强人体抵抗力和提高免疫力。但请注意，尽管百香果的含糖量相对较低（约13%-14%），但由于其味道酸甜可口，还是建议适量食用。