两层文具盒要收纳干净整洁，可以按照以下步骤：

整理文具：首先，把文具盒里的所有文具都拿出来，分类整理好，如笔类、橡皮类、尺类等。

清洁文具盒：用湿巾或柔软的布擦拭文具盒内外，去除污渍和灰尘。

放置常用文具：将经常使用的文具，如笔、橡皮、尺等，放在文具盒的第一层，这样可以方便拿取。

分类收纳其他文具：将其他文具，如胶水、修正带、彩笔等，分类放在文具盒的第二层，建议使用透明的收纳袋或小盒子，这样可以一目了然地找到需要的文具。

收纳小物件：如果文具盒有暗格或夹层，可以用来收纳一些小物件，如回形针、订书钉等。

保持文具盒整洁：定期检查文具盒，及时清理掉不常用的文具，保持文具盒整洁有序。