用长方形纸做正方形笔盒的步骤如下：

1. 将长方形纸张沿较短的中线对折。

2. 分别将对折处往内折，折出两个直角三角形，然后打开。

3. 将纸张两侧打开后，沿上一步的折痕压下去，得到新的形状。

4. 将两侧反过来。

5. 将两个直角边往中线折，使其对齐中线。翻面后，进行同样的操作。

6. 将上方的长方形往下翻折，得到新的形状。

7. 将上方的开口打开后，将纸盒往下压，将纸盒底部边缘修整一下，即可得到纸盒。

以上步骤仅供参考，具体制作时可能需要根据实际情况进行调整。同时请注意，使用剪刀等工具时务必小心，以免受伤。