经过莲溪村，鱼珠隧道呈南北走向，穿越海珠、天河、黄埔区。南起海珠新港东路，向北下穿珠江与北帝沙岛，并下穿黄埔大道后接地，止于深涌左支涌以南。其主线为双向六车道