公务员医疗保险报销程序分为门诊和住院两种类别：

(一)门诊：

1、首先在个人当年账户中支付;

2、个人当年账户资金不足支付部分，全额由个人现金支付，其中有历年账户支付，先从历年帐户开支。

3、当现金支付(包括历年账户)累计支付达到1000元的门诊起付线以上部分，由公务员医疗补助经费和公务员个人按比例分担，公务员医疗补助经费支付80%，个人负担20%;

4、当在起付线以上再自付500元时，以上部分回单位报销90%。

(二)住院和规定病种门诊：

1、起付标准以下的医疗费用，首先在个人历年帐户中支付，个人历年帐户资金不足支付部分，由公务员医疗补助经费和公务员个人按比例分担，在职人员由公务员医疗补助经费支付80%，个人负担20%;退休(退职)人员由公务员医疗补助经费支付85%，个人负担15%;建国前参加革命工作的老工人，由公务员医疗补助经费支付95%，个人负担5%。

2、一个年度内，个人负担部分之和(包括住院起付标准)，超过部分由用人单位给予补助(全额)。