黄芩的果实为蒴果，呈卵形，长约1厘米，宽约5毫米，果实表面有短柔毛。

黄芩的根茎较粗壮，呈黄褐色。茎直立，高度可达30-80厘米，表面具有细长的毛。叶子呈卵形到卵状长圆形，对生，具有短柄，边缘有锯齿状的细齿。叶片的上表面光滑，下表面相对较粗糙。叶片呈深绿色。