和田玉上面的黄色小点点可能是来自矿物质中的含铁氧化物，如黄铁矾、黄铁矿等。这些氧化物形成了玉石表层的小点，它们可能由于古时候和田地区土壤矿物化学组成的影响而形成。

此外，这种小点也可能是由于石头自身因地理年代变迁而形成的天然纹路，这种纹路也会在玉石上呈现为小点。无论由什么原因形成，这些小点点是和田玉的一大特色，也是让玉石品质更为出众的标志之一。