福建省大件运输超限证办理流程如下：

申请者需要向福建省交通运输厅行政服务中心提交申请，并填写《超限运输车辆通行证申请表》。

提交申请时，需要提供车辆行驶证、车辆前后4R照片、车辆载货质量等证明材料。

福建省交通运输厅行政服务中心在收到申请后，会根据材料进行审核，并安排现场勘查。

如果申请者的申请材料和实际情况符合要求，福建省交通运输厅行政服务中心会颁发《超限运输车辆通行证》。

以上是福建省大件运输超限证的办理流程，申请者需要按照要求提供相关材料，并经过审核和现场勘查。