东莞西站是个枢纽站，莞惠城轨、穗深城际和东莞地铁1号线在此交汇，站房共有4层，其中第3层是穗深城际，第4层是莞惠城轨的站台，莞惠城轨上跨穗深城际，两者间并不互联互通。因而，惠州人乘坐莞惠城轨无法直达广深，均需在到达东莞西站后，向下走一层换乘穗深城际。