甲亢申请特殊病种医保，一般可以按照以下步骤进行：

准备相关材料：通常需要医疗证明，证明你确实患有甲亢并需要特殊的治疗。这可能包括医生的诊断书、病历、相关的检查报告等。

填写申请表：向当地的医保部门或社保中心索取特殊病种医保申请表，并按照要求填写。在填写时，务必如实、详细地填写你的个人信息和病情。

提交申请：将填好的申请表和相关医疗证明一起提交给医保部门或社保中心。他们会对你的申请进行审核。

等待审核结果：医保部门或社保中心会对你的申请进行审核，如果审核通过，你就可以享受特殊病种医保的待遇了。

请注意，具体的申请流程和所需材料可能因地区而异，建议你在申请前先向当地的医保部门或社保中心咨询，了解详细的申请要求和流程。

另外，甲亢的治疗和管理除了医保政策外，还需要你积极配合医生的治疗建议，保持良好的生活习惯，以及定期进行复查和调整治疗方案。