香港维多利亚港的水来自南中国海和珠江三角洲的河流。盛行的东南季风带来水流和洋流，将海水冲进淡水河口附近形成海潮，进而影响整个维多利亚港的水质。

此外，珠江三角洲汇聚了数条河流，其中珠江是最大的水源，为港口地区造成广泛的淡水影响。各种废水排放和氧气减少是维多利亚港的主要污染源，对水质造成了负面影响。