如果商家被消费者恶意敲诈，可以采取以下措施：

1. 保留证据：将涉事消费者的相关证据保存下来，如对话记录、商品损坏照片、交易流程等，以备追究责任时作为证据呈现。

2. 分析研究：对存有异议的消费者退货、换货申请进行透彻、客观、公正的研究分析，确定事态的真相与责任归属。

3. 维护权益：如果商家确实遭受了恶意敲诈行为，应该根据法律规定对消费者进行追责，维护自身合法权益。

4. 改善服务：考虑到商家的得失，努力打造更加完善和人性化的售后服务体系，尽可能缩小消费者的异议，避免类似情况再次出现。

5. 对消费者进行投诉：商家可以针对消费者的敲诈行为，向投诉受理机构投诉，寻求法律维权的支持，保护自身的合法权益。

总之，商家如果遭遇到消费者的恶意敲诈行为，应该早日采取措施，防范于未然。同时需严格遵守法律规定，不要将快乐鱼抛到大海深处，让自己尽量站在合法、合理的一方。