合村并居三层楼房的面积计算方式并不是简单地按三层平方算。通常情况下，合村并居的楼房面积计算会考虑到楼房的实际建筑面积，包括每一层的面积以及可能的公摊面积。这意味着，每一层的面积都会被单独计算，并且可能会根据楼房的总层数和公摊面积进行一定的调整。

此外，具体的计算方式还可能受到当地政府或开发商的规定和政策的影响。因此，在了解具体的合村并居项目时，最好能够咨询相关的政府部门或开发商，以获取准确的面积计算方式和规定。这样可以确保自己的权益得到保障，并避免因为误解或不清楚规定而导致的纠纷。