深圳机场第三跑道的飞机噪音是碧海片区无法回避的问题。因为地形限制与安全复飞等因素，在当前双跑道布局下，一跑道主要负责飞机起飞（空路繁忙时，飞机也会在一跑道降落），二跑道主要负责飞机降落。

而一跑道的航道正好在碧海上空，导致碧海片区常常飞机噪音困扰，尤其是飞机起飞时发动机</a>的噪音。而随着季节风向不同，起降方向有很大的差别，噪音大小也不太一样。

春夏季深圳刮的是东南风，飞机大多在第一跑道上从北向南起飞，碧海片区噪音很大。秋冬季节深圳刮西北分，飞机大多在第一跑道上从南向北飞，碧海上空噪音小，偶尔会有几架飞机在碧海上空降落，噪音比起飞时要低得多。

总的来说就是，碧海在春夏季节受飞机噪音影响大，冬季影响小。

第三条跑道建成后，在空域允许的条件下，跑道运行方式为：一跑道独立使用，二跑道起飞，三跑道降落（内侧跑道起飞，外侧跑道降落），向南运行时二、三跑道方可实现平行隔离运行。

第三跑道建成后，能有效缓解第一跑道的起飞班次，虽然仍然无法消除起飞噪音的影响，但考虑到2023年就能完成第三跑道的建设，还是值得期待建成后实际效果的。