行程安排因人而异，但建议先去大明湖看牡丹，再去游览菏泽九龙山，最后参观曹州博物馆。

原因是大明湖东岸的牡丹文化区和牡丹园是菏泽最著名的景点之一，是为数不多的国家AAAAA级景区之一，也是中国著名的牡丹文化研究基地；九龙山风景区是中华民间文化艺术遗产也是国家AAAA级旅游区；曹州博物馆是体现曹州历史文化的专业博物馆，是学习曹州文化的不二选择。

考虑到菏泽市区内的交通便利，可以选择住在市中心并打的前往景点。

建议游玩时间为2-3天，以便充分感受菏泽的美景和人文底蕴。