当确定锦鲤得了水霉病之后，可以尝试用福尔马林100250ppm，流浴1小时；或者是选用无碘盐，1-1.5%，浸泡病鱼20-30分钟；也可以使用孔雀石绿，但这仅限于观赏鱼使用。此外，如果如果锦鲤发生细菌性混合感染时，则需配合抗生素治疗；而亚甲基蓝2ppm次日再一次能取到很好的效果。