企业公积金自动代扣需要先在银行开通代扣服务，然后在公积金管理平台上进行设置，包括设定代扣日期、代扣金额等信息。每月代扣时，系统会自动从企业银行账户中扣除对应的公积金金额，并生成代扣明细，方便企业后续查询和核对。同时，企业还需要定期核对代扣明细和银行账单，确保代扣正确无误。