可以的，通常情况下旅客可以分别预订不同港口的船票。这在多港口联运或需要在不同港口上下车的旅行中很常见。预订时，您需要分别查询每个港口的航班信息，并根据您的行程安排选择合适的航班。

完成预订后，务必核对所有航班的时间和日期，确保它们之间的衔接无误，并且符合您的整体行程计划。同时，也要注意不同港口可能有不同的登船和安检流程，提前做好准备。