手续费扣除原因主要包括两个方面：一是由于车票供求关系不平衡，一旦售出就可能对其他乘客产生影响，所以车票退票导致售票收入减少，需要通过加收手续费来弥补损失；二是车票售卖和退票需要付出一定的人力、物力和财力成本，手续费的收取也可以部分弥补这些成本。

另外，如今有些铁路局或客运站会根据退票时间的早晚以及退票时长的长短来按比例收取手续费，以更加合理地计算手续费。

总之，手续费的多少与票价、车次、退票时间、铁路局的政策等因素相关，但无论如何，乘客都应该提前了解并遵守规定，以免损失过大。