公司调整管理机构的通知文件应该通过电子邮件进行发送。在邮件中，应该说明该通知的重要性以及对组织的影响。同时，应该明确新的管理机构的组成以及各个成员的责任和职责。

最后，应该强调员工和管理层之间的合作和沟通，以确保公司的顺利运营。