是的，淘宝超时发货将会扣除一定的违约金。根据淘宝规定，商家在订单确认后两小时内需要发货，如果超时未发货，则会从商家的保证金中扣除一定比例的违约金，影响商家的信誉度。因此，商家在经营淘宝店铺时，需要注意订单的及时处理，保证良好的售后服务。