杭州顶格社保从2006年开始的原因主要是因为在该时间点前后，中国对社保制度进行了重大改革。2006年，中国开始实施《中华人民共和国劳动法》，其中规定了企业和职工必须缴纳社会保险费的义务。同时，杭州也开始逐步推广社保制度，因此从2006年开始，杭州的社保制度逐渐完善，并逐步实现了全覆盖。

此外，杭州顶格社保的缴纳年限也是根据当地的政策规定而定的。在杭州，顶格社保的缴纳年限为16年零3个月，这意味着在过去的征收过程中，为了给予被征收人一定补偿，同时一定程度上提高这部分人的退休待遇，当地政府提出了社保补缴方案，补缴时间从6年到15年不等。因此，从2006年开始，杭州的社保制度得到了不断完善和调整，顶格社保的缴纳年限也是根据当时的规定而定的。