是的，京东发货时间超过48小时将会被罚款。

这是因为京东作为一家电商平台，需要在规定时间内将商品发货给消费者，否则会影响消费者的购物体验，也违反了定下的协议。

因此京东对商家有着明确的发货规定和惩罚机制，对商家进行罚款扣分等处理，以保障消费者的权益和商家的经营规范。

延伸内容：京东提倡“三包”政策，即七天无理由退货、15天无理由换货、享有一年免费保修服务。

这也意味着商家需要在规定时间内发货、处理交易、提供售后服务等等一系列流程，为了维护京东的良性发展和消费者的利益，商家在运营过程中必须遵守规定，否则可能会面临相应的制裁措施。