明确结论：被查两次没有电三轮驾驶证应该被处以罚款并扣留电三轮。

解释原因：根据《道路交通安全法》规定，没有电动自行车驾驶证驾驶电动自行车将视为无证驾驶，一旦被查处违法行为，会被罚款并扣留车辆，以起到震慑违规行为的效果。

内容延伸：此外，如果被查处时还存在危及人身安全情况的违规行为，如搭载超载行为或者逆向行驶等，将会增加罚款金额，并且可能会被要求进行相关法律责任的承担。

因此，市民在驾驶电动自行车前应该先取得相应的驾驶证，提高自身安全意识，做到遵守交通规则，确保自身和他人安全。