如果东莞市水电公司发现客户的水电费超收，首先应该通知客户并核查原因。如果是因为计量设备损坏或水电公司的错误引起的超收，应该及时进行赔偿。

如果客户故意进行水电费超收，则应当按照相关法规进行处罚，如罚款、停止供应等。同时，水电公司应该加强管理，确保计量设备的准确性和客户的知情权和权益得到保障。