板蓝根树是一种灌木或小乔木，高1-2米，树皮灰褐色或灰黑色，纵裂，有皮孔。叶片互生，卵形或椭圆形，长3-8厘米，宽2-4厘米，先端渐尖，基部楔形，边缘有细齿。花序为总状花序，顶生或腋生，长5-10厘米，花冠蓝色或紫色，长约1厘米。

果实为蒴果，卵形或椭圆形，长约5毫米，宽约3毫米，种子黑色，长约2毫米。