1、性质和后果不同

查封、扣押是独立的行政行为，可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼。证据先行登记保存是行政处罚行为中的一种取证手段、一个环节，不属于行政复议或者诉讼的范围。

2、期限不同

证据先行登记保存后，应当在七日内作出处理决定。查封、扣押的期限不得超过三十日；情况复杂的，经批准可以延长，但是延长期限不得超过三十日。

3、方式不同

证据先行登记保存是对证据进行现场清点，就地登记保存，当事人负有保管义务，不得销毁或者转移，但不改变其占有。查封、扣押是对当事人的财物实施暂时性控制，直接影响到当事人对财物的占有权。

证据先行登记保存的功能较为单一，适用于证据可能灭失或者以后难以取得的情形下，如何有效的固定证据，通常有紧迫性，但尚不足以或者不适宜采取查封、扣押的行政强制措施。查封、扣押措施的功能侧重于制止违法行为、防止危害发生，对当事人的合法权益造成实际影响。实践中应当厘清二者的关系，避免引发纠纷。