南京到漠河之间目前没有直飞航班或者直达列车车次，只能先飞到哈尔滨，或者乘坐火车到哈尔滨，再转乘到达漠河。

哈尔滨到漠河有航班，也有列车车次，可以根据自己的时间和经济能力决定是乘坐飞机还是火车。