你好，存在问题工程手续办理周期长可能由以下原因导致：

1. 行政审批流程繁琐：存在问题工程需要经过多个部门的审批，手续繁琐，需要花费较长的时间。

2. 材料齐全性不足：申请人在提交申请材料时，可能未能提供足够的材料，需要重新提交或者补充材料，从而延长了审批时间。

3. 资源有限：审批部门的人力、物力资源有限，不能满足大量的审批需求，导致审批周期长。

4. 政策变化：政策变化可能导致审批流程发生变化，需要重新制定规定和流程，从而延长了审批周期。

为了缩短存在问题工程手续办理周期，建议加强政策宣传，完善行政审批流程，提高审批效率，加强资源配置，优化服务流程，推行电子化审批等措施。