公司零申报时，应制作以下会计凭证：

1. 打开会计凭证，准备录入期初余额。

2. 确认所有资产、负债和所有者权益的余额均为零。

3. 在会计凭证中完整记录零余额的交易，确保与实际情况相符。

4. 保存并提交会计凭证，以供审查和审计。

这样做可以确保公司在税务和财务报告方面符合相关法规和规定，有助于避免未来的税务和法律风险。