有权检查手机的部门是公安部门。公安机关在立案后，根据侦查犯罪的需要，可以对利用电信、计算机网络、寄递渠道等实施的重大犯罪案件，以及针对计算机网络实施的重大犯罪案件等严重危害社会的犯罪案件采取技术侦查措施。